نقش پژوهش در توسعه همه جانبه پایدار چنان برجسته و انکار ناپذیر است که می توان آن را بدون تردید نیروی محرک توسعه در همه حوزه ها اعم از فرهنگ اقتصاد، سیاست و جامعه دانست. با عنایت به این موضوع همواره نیاز به یک واحد سازمان یافته در قالب برنامه ریزی های ریز و کلان پژوهشی در وادی دانشگاه بالاخص دانشکده پزشکی احساس می شده است که در راستای نیل به این مهم، معاونت پژوهشی دانشکده پزشکی در تاریخ 8 / 4 / 1371 به طرز مجزا از معاونت آموزشی و به صورت واحدی مستقل با ریاست آقای دکتر بهروز نقیلی ( متخصص بیماری های عفونی ) تاسیس و آیین نامه ای توسط ایشان جهت نگارش پایان نامه ها تنظیم و به مرحله اجرا درآمد و اولین جلسات دفاعیه دانشکده پزشکی در آن زمان و در گروه بیوشیمی صورت گرفته است .
پس از آقای دکتر نقیلی، جناب آقای دکتر محمدرضا نهایی (میکروبیولوژیست) از تاریخ 7 / 1 / 74 لغایت 11 / 7 / 80 به عنوان معاونت پژوهشی دانشکده انتخاب و بعد از ایشان آقای دکتر علیرضا فرج اللهی Ph.D) فیزیک پزشکی) مسئولیت معاونت پژوهشی دانشکده را برعهده گرفتندودر جهت ارتقا جایگاه آن ، فعالیت های شایان ذکری را انجام دادند .از شهریورماه سال 1386 جناب آقای دکتر مهدی فرهودی (متخصص نرولوژی) مسئولیت معاونت پژوهشی دانشکده را برعهده گرفته اند و بعد از ایشان آقای دکتر علی مشکینی(متخصص جراحی مغز و اعصاب)از خردادماه 1389 عهده دار این مسئولیت بزرگ گردیدند. این معاونت در تاریخ 18/1/93 در قالب یک معاونت جدید تحت عنوان معاونت تحقیقات و فناوری به آقای دکتر حسن سلیمانپور (متخصص بیهوشی و مراقبتهای ویژه) سپرده شدو در مهر ماه سال 1396 جناب آقای دکتر عطا محمودپور ( متخصص بیهوشی وفوق تخصص مراقبتهای ویژه ) به عنوان معاونت تحقیقات و فناوری دانشکده پزشکی عهده دار این مسئولیت گردیدندو بعد از ایشان در سال 1402 جناب آقای دکتر حمید طیبی خسروشاهی فوق تخصص نفرولوژی مسئولیت معاونت پژوهشی دانشکده را به عهده گرفتند و در نهایت مسئولیت این معاونت از فروردین سال 1404 به جناب آقای دکترکاووس شهسواری نیا(متخصص طب اورژانس ) سپرده شد .